1、控制問題 永磁發電機制成后不需外界能量即可維持其磁場，但也造成從外部調節、控制其磁場極為困難。這些使永磁發電機的應用范圍受到了限制。但是，隨著MOSFET、IGBTT等電力電子器件的控制技術的迅猛發展，永磁發電機在應用中無需磁場控制而只進行電機輸出控制。設計時需要釹鐵硼材料，電力電子器件和微機控制三項新技術結合起來，使永磁發電機在嶄新的工況下運行。
2、不可逆退磁問題 如果設計和使用不當，永磁發電機在溫度過高(釹鐵硼永磁)或過低(鐵氧體永磁)時，在沖擊電流產生的電樞反應作用下，或在劇烈的機械振動時有可能產生不可逆退磁，或叫失磁，使電機性能降低，甚至無法使用。因而，既要研究開發適合于電機制造廠使用的檢查永磁材料熱穩定性的方法和裝置，又要分析各種不同結構形式的抗去磁能力，以便在設計和制造時采用相應措施保證永磁式發電機不會失磁。
3、成本問題 由于稀土永磁材料目前的價格還比較貴，稀土永磁發電機的成本一般比電勵磁式發電機高，但這個成會在電機高性能和運行中得到較好的補償。在今后的設計中會根據具體使用的場合和要求，進行性能、價格的比較，并進行結構的創新和設計的優化，以降低制造成本。無可否認，現正在開發的產品成本價格比目前通用的發電機略高，但是我們相信，隨著產品更進一步的完美，成本問題會得到很好的解決。